藻琴山は、屈斜路湖の北に聳える標高1000.02mの山。 屈斜路カルデラの外輪山に属し、南側は急崖をなして屈斜路湖に落ちこみ、北側はオホーツク海に向かって緩く傾斜する。 山麓は針葉樹林でおおわれ、山頂には草地が広がり、エゾウスユキソウなどの高山植物が成育する。